L’île Sainte-Marie, aux coordonnées géographiques 16°50’ Sud et 49°55’ Est, autrefois nommée Nossi-Ibrahim devenu aujourd’hui en malgache Nosy Boraha (peu usité), est une île de la région d’Analanjirofo, dont les côtes sont à 5 à 12 kilomètres des rivages Nord-Est de Madagascar, dans l’océan Indien. De forme très allongée, elle mesure 49 km de long sur 5 km de large avec une orientation S-SW/N-NE. Au sud, l’île aux Nattes (2,5 km sur 1,5 km) est séparée de l’île Sainte-Marie par un bras de mer d’environ 400 m de large. Un lagon entoure ces deux îles.